تتميز استراتيجية القطاع بالتوازن والشمولية والتكامل والجودة العالية فهى تعمل على دعم تحقيق استراتيجية الوزارة، مع الحرص على تحقيق اهداف التنمية المستدامة للامم المتحدة وكذلك تحقيق أهداف منظمة اليونسكو فى مجال المياه. كما تتميز الاستراتيجية بالمرونة للتأقلم مع معطيات ومتغيرات الواقع الداخلى والخارجى، فهى تهدف الى خلق واقع جديد يتجاوب مع تحديات المستقبل المتوقعة والفرص الخارجية المتاحة، كما تعالج عوامل الضعف وتستثمر مواطن القوة داخل المنظمة للوصول للأهداف المرجوة، مع مراعاة تأكيد وتفعيل دور أفرع القطاع المنتشرة فى محافظات الجمهورية فى تحقيق هذه الاستراتيجية،
وتشمل استراتيجية القطاع ستة محاور رئيسية:
- المساهمة فى تحقيق استراتيجية الوزارة وما يتطلبه ذلك من تلبية احتياجات اجهزتها المختلفة مع التحديث والتطوير المستمر، والعمل على ربط المسار الوظيفى بالدورات التدريبية لضمان تنمية واستثمار الموارد البشرية بالوزارة بشكل دائم.
- التوسع فى الانشطة المتعلقة بالمياه وذلك لتحقيق اهداف منظمة اليونسكو واهداف التنمية المستدامة للامم المتحدة والمتعلقة بمجال المياه، وما يتطلبه ذلك من تقديم خدمات مستحدثة مثل الدراسات والاستشارات المائية والدعم الاكاديمى فى مجال المياه.
- تحقيق اللامركزية وما يتطلبه ذلك من اعادة هيكلة للقطاع واعادة توزيع للاختصاصات وضبط وضمان جودة الاجراءات الداخلية ورفع كفاءة الإدارة المالية، مع استخدام الاساليب الحديثة فى تأهيل وتدوير الموارد البشرية المتاحة.
- تحقيق الإستدامة التمويلية ومامن خلال استثمار موارد وامكانيات القطاع (بنية اساسية - خدمات تدريبية) على المستويين المحلي والاقليمى وما يتطلبه ذلك من رفع كفاءة البنية التحتية للقطاع وافرعه، ومن تحسين وتطوير للخدمات اللوجيستية والتدريبية التى يقدمها القطاع.
- توظيف التكنولوجيا الحديثة الحديثة في ميكنة القطاع وفى مجال التعلم والتدريب وتبادل وتوثيق الخبرات.
- التوسع في شبكة التعاون الدولية والإقليمية والمحلية وتلبية احتياجات العملاء دوليا وإقليمياً ومحلياً، مع الحرص على نقل الخبرات وتبادل المعلومات والبيانات.
